【平叛之后，秦良玉又率领白杆兵攻占了二郎关、佛图关等重要据点，收复了重庆。

此役之后，朝廷授予她都督佥事、充都督同知总兵的官职，并多次赏赐金币银两。但秦良玉却将这些赏赐全部用于犒赏有功将士。

授官后，秦良玉又收复红崖墩、观音寺、青山墩等贼军重要据点，奢崇明兵败自杀，秦良玉彻底平定奢崇明四川之乱。

天启四年（1624年），秦民屏随巡抚王三善率军在陆广作战失败，王三善率先逃走。秦民屏在大方大破贼兵，屡战屡胜。

退兵时，遭到贼兵袭击，奋战而死，秦民屏两个儿子秦佐明、秦祚明突围而出但也重伤。

这年，秦良玉手足尽失。

1630年，努尔哈赤的继任者皇太极决定改变思路，绕开山海关，借道蒙古，攻下永平、迁安、滦州、遵化四城，直逼北京城下，史称己巳之变。

崇祯皇帝下诏勤王。

当时天下大旱，饥荒四起，流寇横行，各地方势力大都按兵不动，坚守自保。

秦良玉积极勤王，朝廷发不出来钱来，她就变卖家财，自掏腰包解决粮饷，带领子弟兵赶往北京千里救援。

皇帝朱由检特意下诏表扬，并于平台召见秦良玉，赏赐秦良玉钱币牲畜酒水等，并赋诗四首表彰秦良玉的功劳。

皇太极退兵后，秦良玉奉旨回到四川驻守当地，但他将儿子、儿媳妇、侄子和部分白杆兵留在北京，供朝廷调用。

外患暂时退去，但是明朝末年，社会矛盾激化，天下大乱，流寇四起。

崇祯七年（1634年），张献忠攻陷川东重镇夔州，秦良玉率军赶到，张献忠不战而走。

秦良玉率军追击，与正好回川的儿子马祥麟前后夹击，打败张献忠，使之退走湖广。而后张献忠受朝廷招安。

崇祯十三年（1640年），张献忠联合罗汝才再次造反，罗汝才率兵攻打夔州。

秦良玉率军前往，罗汝才不战而走，秦良玉追至马家寨，大破罗汝才，斩首六百级，秦良玉又率军追击，先后在留马垭、谭家坪北山、仙寺岭大破敌兵，将其首领东山虎斩杀，活捉副塌天，惠登相、王光恩投降，并夺取了罗汝才的帅旗，罗汝才军逐渐走向衰落。